種株培育
3月初收完芹芽，殘留于土中的根莖會萌發形成新株，4月初當植株長至12～15cm高時，選擇健壯的苗連土掘起，利用早稻田邊角作為種株繁育苗床，按10～15cm見方排種在苗床上，一般每667平方米種株苗床可供3335平方米大田栽培之用。種株不宜深栽，以免影響發棵。種株田要經常換水，否則夏季高溫下易發病。4月份追肥1次，每667平方米施入糞尿1500kg或化肥35kg，促進匍匐莖生長。還要注意病蟲害的防治，及時用40%的樂果1000倍液防治蚜蟲，一旦發現病毒病應立即將病株拔除。生長良好的植株在8月份匍匐莖長達1．5～2．0m，該匍匐莖即作為芹芽母株的種株 。
母株培育
1 栽培季節 8月下旬～9月上旬栽種種株，一般與雙季晚稻按1：1面積比例間作，即2m寬水稻，2m寬水芹，不需作畦，耙平耬勻即可。到秋末冬初可長成具10多片真葉的植株，即母株，供芹芽培育用。
2 栽植 把種芹地里的種株齊根割起，用刀切成20～30 cm長的莖段，然后均勻撒播于晚稻田中留出的地上。注意種苗不能埋入土中，也不能浮在水上。因種苗埋入土中，萌芽遲，生長也差；浮在水上，易生匍匐枝。為了使種苗栽植適宜，早稻收獲后每667平方米 施入人糞尿2 500 kg左右，整地時要耙細整平，使土壤成泥濘狀態，栽種時灌水不宜過多，土面上有1層薄水就行了。
3 灌溉 植后最初5d（天）不要灌深水，使種苗浸沒水中為宜，促進種苗扎根。以后灌水同晚稻一樣，晚稻收割后保持土壤濕潤即可，不必灌水。
4 勻苗 栽植后1個月左右，植株長至13～15cm高時，結合中耕除草進行勻苗移植，以12 cm見方有一叢芹苗為宜。
5 中耕除草追肥 草多的田塊栽植后半個月和1個月時中耕除草2次，若不多可結合勻苗移植時進行1次即可。追肥共2次，苗高10 cm和20 cm時，每667 平方米追施人糞尿1 250kg左右或化肥40～50kg，每次追肥時先把水放干，追肥后過一晝夜，待土壤充分吸收肥料后，再進行灌水復原。
6病蟲害防治 芹芽母株生長過程中病蟲為害較輕，9～10月有蚜蟲為害，可用灌水法防治，即將田中水灌至淹沒植株，將粗草繩放于水面上，拉住兩端向下風的地方移動，將浮于水面上的蚜蟲集中到田的一角，然后清除殺滅，立即放水復原。灌水殺蚜每次不要超過3h（小時），以免水芹生長受影響。
芹芽培育
當植株長到11～13片真葉時就可培土生產芹芽，廬江縣一般在11月上旬以后，具體培土時間可根據市場需要而定，也可分批培土分期采收上市。具體方法：在冬春季節，把芹畦周邊晚稻畦上的土粉碎后用鐵鍬鏟到水芹植株上面，培土工作分3～5次進行，培土層厚約20～30 cm，然后水芹莖上的腋芽就會萌發形成芹芽。一般培土后1個月就可以掘土收獲，每667 平方米產1000kg左右。